GUDP har siden 2013 støttet projekter inden for grøn bioraffinering. Støtten er givet til opbygning af ny viden og udvikling af teknikker og teknologi til at udvinde protein fra grønne afgrøder som græs, kløver og lucerne. Flere af de støttede projekter inden for grøn bioraffinering viser, at teknikkerne potentielt kan føre til større selvforsyning med dansk produceret protein med god aminosyresammensætning til enmavede dyr som svin og høns. Dermed kan grøn bioraffinering bidrage til at mindske landbrugets afhængighed af importeret soja. Nogle af projekterne undersøger desuden, om protein udvundet af grøn biomasse kan bruges til mennesker og dermed blive et klimavenligt, plantebaseret proteintilskud i human ernæring. Udbredelsen af grøn bioraffinering kan i høj grad være med til at gøre dansk landbrug mere klima- og miljøvenligt. Hvis det bliver rentabelt at erstatte kornmarker med græs og kløver, bliver det på én gang muligt at øge udbyttet i marken, reducere udvaskningen af kvælstof og forbruget af pesticider samt at binde langt mere kulstof i jorden. Presseresten fra bioraffinering kan desuden bruges som foder til kvæg, og restproduktet brunsaft kan indgå i biogasproduktion og i produktionen af forskellige højværdiprodukter. Dermed bidrager grøn bioraffinering også til bedre udnyttelse af ressourcerne og recirkulering af næringsstoffer.