Frugtvandet indeholder værdifulde næringsstoffer, herunder kartoffelprotein, som kan udvindes og benyttes i dyrefoder. Indholdet af protein udgør samlet set 2 procent af frugtvandet, men med de metoder, man benytter i dag, er det kun muligt at udvinde halvdelen af den samlede mængde protein. Der ligger et stort uudnyttet potentiale i udvinding af kartoffelprotein fra frugtvand. Det er et værdifuldt råmateriale, som der dagligt udvindes flere ton af på danske kartoffelmelsfabrikker. Derudover er efterspørgslen på protein til dyrefoder stigende. For at udvinde kartoffelprotein skal frugtvandet gennem en proces af højhastighedscentrifugering, hvor vandet skilles fra stivelse og cellerester i en såkaldt dekanter eller hydrocyklon. Herefter trækkes proteinet ud med syrer. For at udvinde større mængder protein skal man justere på disse tekniske og kemiske metoder. Målet er at udvinde halvdelen af det endnu uudnyttede kartoffelprotein. På Kartoffelmelsfabrikken Sønderjylland, som er projektholder, udvinder man i dag 700 kilo kartoffelprotein i timen. Den mængde forventer man altså at kunne øge til omkring 1.050 kilo med den nuværende kapacitet.